现在院本部形成了以神经科学、肿瘤学、和脂糖代谢、眼科和重症医学等为代表的“五大优势学科群”。医院设有临床医学博士后流动站，而且博士学位授权点32个、和硕士学位授权点36个。现在已建成重点学科2个和(内科学-传染病学、神经病学)、和中医药重点学科1个(中西医结合临床),
而且卫健委“功能性脑疾病诊治重点实验室”。已经获批成为临床教学培训示范中心。而且拥有重庆市高校重点学科34个、和重庆市医学重点学科11个,重庆市重点实验室6个。医院承办统计源期刊《中华内分泌外科杂志》。而且近5年(2013—2017)来承担包括973项目、和高新技术研究发展计划(863计划)、和自然科学基金重点项目、和重点研发计划等各级纵向科研课题812项,已经获得科技进步二等奖已经在内的各级科技成果奖38项。于2017年国内收录论文数居全国医疗机构第20位。
