“十二五”以来九院学科建设水平不断发展。医院现拥有3个上海市临床医学中心(口腔临床、整复外科、关节外科)和2个上海市临床医疗质量控制中心(口腔医学、医学美容)。口腔临床医学、整复外科与组织工程学、外科学(骨科)现为国内重点学科，心血管内科为国内重点学科组员单位(牵头单位瑞金医院);口腔基础医学现为国内重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜科、耳鼻咽喉-头颈外科为国内临床重点专科。口腔医学、整复外科学、骨科学为教育部“十二五”“211工程”重点建设学科。口腔黏膜病科列为国内中医药管理局重点专科。血管外科为国内批外周血管介入诊疗培训基地和上海交通大学医学院血管病诊治中心。组织工程学为上海市“重中之重“学科，口腔颌面外科为上海市重点学科(优势学科)，口腔修复生物材料学为上海市重点学科(特色学科)，口腔基础医学和眼科学为上海市第三期重点学科。修复重建外科入选上海市“重中之重”临床医学中心，眼科为上海市“重中之重”临床重点学科，骨科为上海市教委重点学科。眼科、麻醉科、泌尿外科、内分泌科为上海交通大学医学院重点学科。神经内科为上海市脑卒中预防与救治中心单位，普外科为上海交通大学医学院疝与腹壁外科疾病诊治中心。
