在几代人的共同努力下，北医三院已发展成为国内高水平的大型综合性医院，拥有二十个学科为临床重点专科建设项目(骨科、药剂科(临床药学)、病理科、专科护理、检验科、消化科、妇科、产科、职业病科、耳鼻喉科、心血管分子生物学与调节肽重点实验室、呼吸内科、神经内科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康复医学科、成形科(整形外科)、运动医学科)，妇产科为妇产疾病临床医学研究中心，产科、康复医学科为产科专业、康复医学医疗质量管理和控制中心。
十余年来，北医三院门、急诊量始终居北京市各大医院前列。2018年，年服务门诊患者403万余人次，急诊患者近27万人次，出院患者逾11万人次，完成手术6.3万例次。平均住院日为5.51天/人次。在北京市DRGs(疾病诊断相关组)综合评价中，北医三院各项主要管理指标达先进水平。在北医三院住院患者中，三分之一以上是来自全国各地的疑难杂症患者。