医院现设有37个临床科室，55个病区，61个护理单元，22个医技科室。其中风湿免疫科和血液内科为山东省临床重点专科，神经外科和消化内科为省级医药卫生重点学科，21个专业为市级重点专科。口腔科是“微笑列车”项目定点科室。
2019年以来，医院先后成立了“付小兵院士工作站”、“姜笃银博士后工作站”和史本康“泰山学者”工作室，成立了菏泽市乳腺疾病诊疗中心、菏泽市癌症中心和菏泽市危重病诊疗中心、山东省名中医程洪顺工作室，努力打造乳腺中心、创面修复、泌尿外科和重症医学科成为省级重点临床精品特色专科和省级临床重点专科，通过坚持以点带面的推进医院学科建设，医院整体技术水平得到提升。