目前，医院有河医、郑东和惠济3个院区，实行三个院区差异化发展、同质化管理、标准化建设和规范化运行。医院有河南省口腔医院、河南省眼科医院、河南省基因医院，郑大一附院儿童医院、肿瘤医院、心血管病医院、脑血管病医院、生殖与遗传专科医院、耳鼻喉医院、器官移植中心、消化病医院、肾脏病医院、呼吸病医院，共13个院中院,总占地面积682亩，临床医技科室95个，病区239个。其中，河医院区占地237亩,建筑面积35万M2,病区139个，编制床位5000张。郑东院区占地345亩，建筑面积78万M2,编制3000张床位，病区85个。惠济院区占地100亩，建筑面积1.9万M2,病区12个，编制床位500张。
