医院前身为合肥基督医院，始建于1898年，历经风雨洗礼，已发展成为一所设备先进、专科齐全、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的省级大型三级甲等综合性医院，在新一轮(2019年度)全国三级公立医院绩考核中，跃居第24位，等级A+;在2019年度“复旦版中国医院排行榜”位居全国76位。医院目前由中国科学技术大学与安徽省卫生健康委员会双重管理，以中国科学技术大学管理为主。
医院由总院(院本部)、南区(安徽省脑科医院、安徽省心血管病医院)、西区(安徽省肿瘤医院)、感染病院(合肥市传染病医院)和生殖与遗传分院组成，正在建设老年医学康复中心和北城医院。目前总占地面积(含规划面积)1158亩，总建成面积68.65万平方米，总在建面积(不含规划建筑面积)51.43万平方米。总编制床位2200张，开放床位5450张，设有47个临床医技学科。2020年集团门诊量501.3万人次，出院26.5万人次，手术13.48万台次。与52家县市级医院和社区卫生服务中心组建了医疗联合体，托管长丰县人民医院建立紧密型医联体，托管了包河区望湖城社区医疗服务中心建立社区医疗共同体，牵头成立了35个专科联盟，牵头组建了覆盖省内外50余家医院的远程医疗协作网。