1993年医院被武警总部后勤部授予“医药科技先进单位”;1994年获得武警医学杂志颁发的“撰写医学论文特等奖”;1995年被北京市首批纳入“大病统筹”定点医院;1997年以高分跨入“三级甲等医院”行列;1998年被第四军医大学正式列为“教学医院”，并相继建立了硕士生、博士生培养点;1999年被评为北京市医疗保险定点医院;2000年被全军评选为“继续医学教育先进单位”;2001年被首批评选为全国“明明白白看病百姓放心医院”，并被确认建立了国际紧急救援组织(SOS)中国救援医疗基地。2002年8月在总部有关部门的大力支持下，武警总医院被人事部批准成立“博士后科研工作站”。
