哈尔滨中医院始建于1957年，经过近50年的建设，现在已经发展成为基础设施完备，医疗设备先进，科系设置齐全，技术力量雄厚，集医疗、教学、科研为一体的大型综合性三级甲等医院和全国示范中医院。是黑龙江中医药大学第三临床医学圆，省、市医保定点医院。
1997年医院由道里区中医街迁至建国街。现占地面积20500平方米，建筑面积21500平方米,设有门诊楼、医技楼、13层住院楼和楼，外设四处分门诊、一个中药制剂室。2001年5月随着全省重点专科医院哈尔滨市肛肠医院的并入，医院综合实力得到了的提升。
哈尔滨中医院现有职工1063人，在职职工697人，其中专业技术人员565人，高级职称105人，中级职称324人。开放床位500张，设有16个医疗科室、11个医技科室、28个专科门诊及专家门诊，固定资产8600万，年门诊量160000人次，年住院病人6000人次。
2002年9月以王锡坡院长为首的新领导班子上任后，进一步加强重点专科的建设、突出专业特色技术、以两个调节中心带动医院发展。现我院中医肛肠病学科、中医脑病学科、小儿推拿学科、肛肠病物理检测实验室、针灸生理实验室、肛肠病继续教育基地、小儿推拿继续教育基地、中医药高血压病防治继续教育基地已经通过省中医管理局验收命名。
中西医结合大肠肛门病调节防治中心是我省肛肠专业的龙头单位，规模和技术力量在东北乃至全国均名列前茅。2001年6月被黑龙江中医管理局批准为“哈尔滨大肠肛门病调节中心”(省级中医重点专科)，现在正申报“重点专科”。
“中医偏瘫康复调节中心”是调节脑血管疾病的专科病房，为省级重点专科。
小儿推拿科调节小儿肌性斜颈和小儿脑瘫的水平在国内居领先地位。脑系、心脑系为市级重点专科，肺系病房采用冬病夏治、内病外治的独到调节方法，调节慢支、肺气肿、肺心病以及各类喘症，疗显著。心血管病房以中医为主、中西医结合抢救调节冠心病、心肌炎、心力衰竭、高血压及内科疑难病症有独到专长。
中医骨伤科、儿科、妇科、外科、按摩科、针灸科、皮肤科为院级重点专科，在调节上各具特点。