吉林大学中日联谊医院前身是白求恩医科大学第三临床学院，成立于1949年11月，为中国人民解放军“长春医科大学外科学院”。先后经历了中国人民解放军第三军医大学第三临床学院、中国人民解放军第一军医大学第三临床学院、吉林医科大学第三临床学院、白求恩医科大学第三临床学院时期。1993年7月，医院主体迁入位于长春市经济技术开发区的新址。新医院是由吉林省政府和长春市政府拨地、卫计委投资基建、日本政府无偿援助价值26亿日元先进设备而共同兴建的，为纪念中日两国人民及政府间的友谊，医院被命名为白求恩医科大学第三临床学院(中日联谊医院)。2000年6月，吉林大学、白求恩医科大学等5所高校合并组建新吉林大学，医院易名为“吉林大学中日联谊医院”。
