全院由总院区、南院区、西院区和钦村康复医学专科组成，是高级卒中中心、心脏康复中心(建设单位)、中国房颤中心(建设单位)，有山东省卫生与健康新技术培训基地2个，心血管中心、消化内科、神经内科、烧伤整形科、肿瘤科等山东省重点(建设)专科7个，急诊科、胃肠外科、肝胆外科、耳鼻喉科、康复医学科等市级重点(建设)专科20余个，另有重症医学科(ICU)、健康管理科等优势专科30余个。按照“院区一体化管理、同质化服务”的目标，市立医院南院区以工伤康复和肿瘤综合调节为特色，西院区作为“韩国延世大学整形美容科威海合作医院”，以皮肤医疗美容、甲状腺和乳腺外科为特色，钦村康复医学专科以康复医学为特色正在发展。