医院注重学科建设,遵循以“外科为龙头，内科为基础，康复为特色”的学科建设格局，逐步建立以重点学科为基础，集项目、人才、平台、环境为一体的医学科技创新体系。神经内科、肿瘤科(培育项目)为浙北区域专病中心，康复医学科、麻醉(疼痛)学科为浙江省医学重点扶植学科，康复医学、临床药学为浙江省中医药重点学(专)科，骨外科学、儿科学、心血管病学、运动医学为省市共建医学扶植重点学科，儿科学、放射医学、骨外科学、康复医学、麻醉学、普通外科学、神经病学、神经外科学、肿瘤学、临床药学、泌尿外科学、耳鼻咽喉科学、护理学、临床微生物诊断学为嘉兴市医学重点学科，中西医结合护理学、中西医结合康复医学为嘉兴市中医药重点学科。