医院设28个临床科室、9个医技部门，另有职业病防治所、金山区眼病防治所、金山区核化救治中心。影像医学科、儿科、肿瘤科为上海市医学重点建设专科、临床药学为上海市临床药学重点建设专科;重症医学、泌尿外科、影像医学科、麻醉科为复旦大学“医院优势学科建设项目”。重症医学、内分泌科、泌尿外科、肿瘤放疗科、神经内科、消化内科、眼科、骨科、神经外科、麻醉科为金山区医学重点建设专科。在复旦大学的推动下，加入“儿科医疗联合体”、“妇产科医疗联合体”，借助医联体共享平台，促医院诊疗技术规范化、服务同质化。2014年医院取得《上海市职业病诊断机构批准证书》，成为上海市第九家有职业病诊断资质的机构。2017年中山医院和金山区共同组建“医疗联合体”，以中山医院为龙头，金山医院为骨干，专科联盟为支撑，各社区卫生服务中心参与的紧密型医联体，我院与中山医院联合建设内镜中心、介入中心、心力衰竭诊治中心。2018年，医院成立创伤中心，胸痛中心通过认证。