北京清华长庚医院借鉴并在地化台湾长庚纪念医院管理模式，构建现代医院管理体制和运营模式，实行党委领导下的院长负责制，专业化医疗团队与职业化行政团队分工协同治理，提高医院管理的率和益。
医院以优越的事业平台、舒心的工作环境和体面的薪酬待遇，从海内外引进了一批的专家，组成高水平医疗团队。首任执行院长董家鸿为国际肝胆胰外科和肝脏移植专家，于2017年当选工程院院士。医院实行Attending医师负责制、全责护理制和全人照护模式，并推行以疾病为导向的整合式医疗，持续优化医疗流程，为各类病患提供高、优质、经济的诊疗服务，不断提升疾病和康复水准。