医院学科齐全、人才荟萃，设有心脏、泌尿、消化、肿瘤、影像、胸痛六个专科医学中心，其他临床医疗医技科室39个、研究所2个。其中，心脏中心外科在采用多种创新技术调节先天性心脏病、冠心病、心脏瓣膜病、夹层动脉瘤等疾病，特别在调节疑难、危重和复杂心脏畸形方面处于国际领先水平，在小儿心律失常调节方面，调节例数和调节果居国内领先地位，具有广泛的影响力。儿科在新生儿窒息、缺氧缺血性脑病诊治方面享有盛誉。我院发挥多科室协助优势，在预防出生缺陷、孕产妇生产、新生儿急救和婴幼儿复杂先心病外科调节方面，综合实力走在全国前列。外科在各类微创手术、疑难危重症手术中经验丰富。内科脑卒中绿色通道救治率、康复果在北京市名列前茅。