医院共设有45个临床学科和9个公共学科;现有教育部重点学科4个(血液病学、内分泌与代谢病学、心血管病学、神经病学);临床重点专科项目22个和临床重点实验室1个(消化内科、麻醉科、重症医学科、临床护理、骨科、检验科、心血管内科、内分泌科、血液科、儿科消化专业、肾脏内科、皮肤科、神经内科、呼吸内科、急诊科、普外科、烧伤科、感染科、肿瘤中心、老年病科、放射影像、中医肿瘤、内分泌代谢病重点实验室);目前也是中西医结合示范单位;上海市重点学科“重中之重”1个，上海市优势学科2个，上海市特色学科1个，上海市重点学科2个，上海市教委及卫生局重点学科6个。医院还设有上海市临床医学中心3个(微创外科、内分泌与代谢病、血液病)，6个市级研究所(上海市伤骨科研究所、上海市高血压研究所、上海市内分泌与代谢病研究所，上海烧伤研究所、上海血液学研究所、上海消化外科研究所)，5个院校级研究所(上海交通大学医学院神经病学研究所、上海交通大学医学院心血管病研究所、瑞金医院感染性疾病和呼吸性疾病研究所、上海交通大学医学院胰腺疾病研究所、上海交通大学医学院肾脏病研究所)，科技部重点实验室1个(医学基因组学重点实验室)、教育部重点实验室1个(功能基因组学和人类疾病相关基因研究重点实验室)，卫生部重点实验室2个(人类基因组研究重点实验室、内分泌代谢重点实验室)，上海市重点实验室5个(人类基因组研究重点实验室、中西医结合防治骨关节病重点实验室、心血管生物学重点实验室、上海市内分泌肿瘤学重点实验室和上海市胃肿瘤重点实验室)。
