学校校本部设有11个学院、1个研究中心和1所附属卫生学校，包括基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、生物医学工程学院、中医药学院、医学人文学院、全科医学与继续教育学院、马克思主义学院、国际学院、燕京医学院，脑重大疾病研究中心，附属卫生学校。学校现有21所临床医学院(其中19所为附属医院)，包括首都医科大学宣武医院(第一临床医学院)、附属北京友谊医院(第二临床医学院)、附属北京朝阳医院(第三临床医学院)、附属北京同仁医院(第四临床医学院)、附属北京天坛医院(第五临床医学院)、附属北京安贞医院(第六临床医学院)、附属复兴医院(第八临床医学院)、附属北京佑安医院(第九临床医学院)、附属北京胸科医院(第十临床医学院)、首都医科大学三博脑科医院(第十一临床医学院)、附属北京地坛医院(第十二临床医学院)、附属北京儿童医院(儿科医学院)、附属北京口腔医院(口腔医学院)、附属北京安定医院(精神卫生学院)、附属北京妇产医院(妇产医学院)、附属北京中医医院(中医药临床医学院)、附属北京世纪坛医院(肿瘤医学院)、附属北京康复医院(北京康复医学院)、附属北京潞河医院(潞河临床医学院)、中国康复研究中心(康复医学院)、中日友好医院(中日友好临床医学院)，以及预防医学教学基地(北京市疾病预防控制中心)。学校还设有39个临床专科学院、专科学系，32个临床诊疗与研究中心。
