现有临床重点专科3个(消化内科、护理学科、中医心病学)，上海市重中之重临床重点学科1个(护理学科)、上海市中医心脑血管病临床医学中心、上海市视觉复明临床医学中心(共建)、上海市创伤急救中心、上海市骨肿瘤研究所、上海市甲状腺疾病研究中心、上海市脑卒中防治中心(北区)，是同济大学癌症中心的依托单位，上海市护理质控中心、上海市临床营养质控中心的挂靠单位。建有同济大学肠道疾病研究所、同济大学甲状腺研究所、同济大学泛血管病研究所、同济大学介入血管研究所、同济大学微生态临床研究与诊治中心;合作共建教育部“心律失常分子遗传重点实验室”，挂牌中国胸痛中心及全国首批“心血管病专科护理及技术培训基地”(双认证);先后成立葛均波院士、黎介寿院士、魏于全院士、刘志红院士、樊代明院士等院士工作室。
