今天的同仁医院，由四个院区组成，占地面积66亩，建筑面积13万平方米，核定床位1200张。2016年门急诊人次220余万，住院人次4.1万，手术人次2.5万。拥有上海市重点专科3个(消化内科、胃肠外科、影像介入科) ，是区域医疗、预防、保健、康复中心，辐射长宁及周边六个区县，承担着危、急、重症疾病抢救和重大传染病防控的主体任务。
2014年，医院与上海交通大学医学院合作建立虹桥国际医学研究院，着力打造高水平的科研平台和转化医学研究中心;与哈萨克斯坦实验室共同建立联合实验室，在再生医学、转化医学、环境与健康等领域开展研究。
医院早在1896年，就已经作为圣约翰书院医学院(上海交通大学医学院前身)的实习医院，于上世纪初建立了中国早的护士学校。目前，是包括上海交通大学医学院、海军军医大学在内的国内多家医学院校的教学医院，为各级医院输送了大批的医学毕业生。2015年，获批成为交大医学院研究生培养单位，目前有交大医学院博士生导师2人，硕士生导师21人，其他院校博士生导师2人，硕士生导师44人。医院是上海市住院医师规范化培训全科、内科、外科的教学基地。