医院前身可追溯到1980年原浙江医科大学口腔医学系临床教学实践基地。1982年，浙江医科大学附属口腔门诊部正式挂牌。1996年，浙江医科大学附属口腔医院正式动工。1998年，浙江大学完成了世人瞩目的“四校合并”，浙江医科大学并入新组建的浙江大学。1999年，新落成的附属口腔医院正式更名为浙江大学医学院附属口腔医院。经过四十余年的开拓求索，医院现有三大院区：延安路总院坐落于西子湖畔，毗邻繁华的武林商业圈;2006年，在浙江大学校医院华家池院区三楼设立华家池口腔诊疗中心;2013年，位于拱墅区的浙江大学医学院附属口腔医院城西分院正式开诊运营。当前，医院扩建工程浙江大学口腔医学中心顺利推进，将于2020年底投入使用。