解放军第四一一医院的前身是教会医院，日本占领上海后成为日军的海军医院，抗战胜利后成为国民党海军上海医院，1949年5月27日上海解放后由华东军区海军接管，组建为华东海军上海医院。1954年6月按全军统一序列编为中国人民解放军第四一一医院，隶属华东军区海军(东海舰队前身)，后划归海军上海基地管辖，2004年编制体制调整转隶南京军区联勤第十三分部管辖。
医院营区主要由四个院落组成，占地总面积68亩。本部(医疗区)位于上海市东江湾路15号，占地面积22亩，现有18层的外科大楼、11层的内科大楼、7层的门诊楼、9层的服务大楼和伽玛刀楼。2008年初，8000余平方米的服务大楼投入使用，23000余平方米的23层住院大楼正在建造中，预计2010年下半年投入使用，医疗区总建筑面积将6万余平方米。药厂和单身干部宿舍位于广粤路469号，占地面积6.7亩;多伦路210号原白崇禧公馆系该院体检中心，占地1.6亩。