南通市中医院是三级甲等中医院、全国示范中医院、南京中医药大学附属医院和南通大学附属中医院。先后获得全国红旗单位、全国医药卫生先进集体、省文明医院、省、市文明单位、省抗非先进集体、“江苏省五一劳动奖状”获得单位、南通市服务经济建设单位、市十佳医院、无红包医院等称号。附设南通市中医研究所。
南通市中医院科室设置齐全，人才济济，设备先进，专科特色显著。共有一级临床和医技科室18个，二级临床科室14个，核定床位600张。医院现有职工730人，其中职称127人，中级职称167人。有全国名中医4人，省名中医3人，市名中医5人，享受专家特贴6人。蛇伤专科为全国重点专科，消化科、风湿科、骨伤科、中医妇科为省重点专科，肛肠科、中医儿科、肾内科为市重点专科。年门急诊量达50多万人次，年出院病人1.4万人次。