中国人民解放军联勤保障部队第九〇〇医院科研能力较强、研究水平较高。目前，医院承担了、军队和福建省科研项目370余项，其中重大项目10余项。多个研究项目有望取得重大突破。"十五"以来，医院获、军队科技进步、医疗成果奖和福建省科学技术奖209项，其中科技进步二等奖3项，军队科技进步一等奖3项，军队医疗成果一等奖1项，福建省科学技术一等奖5项、二等奖31项。在国内外期刊上发表学术论文7000余篇，出版专著80余部。
医院重视科学化管理工作，1998年以来，医院建立了以信息技术开发和推广应用为主要内容的金卫工程"军字一号"，有67台服务器、2500多个计算机工作站联网并正常运行，使全院日常医疗、护理、教学、办公数字化。各类信息系统，如医院信息系统(HIS)、医学图像传输与存贮系统(PACS)、临床检验信息系统(LIS)、麻醉信息系统、心电监护系统、心电图信息系统、办公自动化系统(OA)均无缝联接，初步建成数字化医院。