福州鼓楼医院依照“以特色专科为先导，创造的现代化综合型医院”的发展模式，设立有内科、外科、急诊科、妇科、产科、儿科、口腔科、五官科、中医科、骨科、骨关节科、类风湿科、颈腰椎科、静脉曲张科、泌尿外科、肛肠科、皮肤科、针灸科、整脊推拿科、整形美容科、老年病科、糖尿病科、不孕不育中心等30余个科室，其中内科、外科、颈腰椎科、静脉曲张科、骨关节科、类风湿科、妇科、产科、整形美容科、泌尿外科、五官科、肛肠科在省内享有盛誉，进口设备，超微创技术不开刀调节颈椎、腰椎间盘突出症、下肢静脉曲张;及非侵入性冲击波、不开刀微创介入靶向免疫疗法调节骨关节疾病更是国际先进，国内领先。
福州鼓楼医院斥巨资装修，环境舒适、设备齐全。层流手术室、单元式病房，同时引进了一系列代表国内外先进水平的医疗检测设备和诊疗系统，为临床提供了科学诊疗基础。如：200型彩色多普勒超声诊断仪、500mA带电视遥控X光机、电子胃镜、直肠镜、内镜诊疗系统、全自动生化系统、细菌分析系统、HIV初筛系统、全自动血球分析仪、血球计数仪、GC—911r放射免疫系统、高精度精液分析系统、多功能荧光显微诊断仪、牙科综合调节系统、三维彩色超声诊断系统、宫腔镜、腹腔镜、全数码真彩影视电子阴道镜、多普勒胎儿监护系统、盆腔调节仪、体外短波调节系统、腔内场消融系统、骨科体外冲击波系统、全电脑肛肠诊疗系统、超导可视流产技术系统、BYK—50型微波调节系统、高精度精子分析仪、新型超微创鼻腔内窥镜诊疗系统、多功能荧光显微诊断仪、超微创激光调节系统(SURGILAS)等，使医院的临床诊断调节与医学研究水平与世界同步。