医院专科门类齐全，按照国际四级分科，现拥有45个临床学科、18个医技学科，100余个临床病区和32个医技科室。近年来，医院累计获批省级重点学科建设系列21批次;累计获批市级重点学科建设系列54批次;现拥有临床重点专科1个、省“十三五”重点专科1个、重点培育专科1个、中医重点专科2个，合肥市第五周期重点专科8个、重点培育专科2个、特色专科4个，合肥市中医重点专科1个，安医大重点学科2个、重点扶持学科1个。
近三年获得中心/基地15个，省级中心/基地19个，市级中心/基地10个。在改良医疗服务行动中，积极按照要求完成“五大中心”建设，成功创建胸痛中心、高级卒中中心、呼吸与危重症中心，安徽省危重孕产妇救治中心和危重新生儿救治中心。
医院在全国公立医院中早探索医养结合养老运行模式，为全省乃至全国十万家庭解决患病老人照护难题，辐射和带动能力增强，在国内形成示范应，打造了一张响亮的“安徽医院名片”。