医院专科设置齐全，已建成临床一级专业学科20个、二级专业学科32个、病区55个、主要医技科室13个，拥有淮安市食管癌防治、临床检验、放射免疫检测、糖尿病诊疗、医学信息、孕产妇急危重症救治等6个技术中心和血液病研究所、肿瘤研究所、普外科、中心实验室、标本室等5个医学重点科研单位。2016年检验科通过ISO15189认证，2017年通过复核认证。
医院先后与韩国高丽大学医学中心、德国雷沃库森医院、北京安贞医院、瑞典卡罗琳斯卡医学院、加拿大西安大略大学、美国密西根大学、霍普金斯大学、哈佛大学等国内外知名医疗机构建立了友好合作关系，定期进行学术交流。2004年9月与韩国高丽大学附属安岩医院共同创建了江苏省中韩合作“心脏血管研究所”。2007年与中国医学科学院肿瘤研究所达成合作意向，在我院正式成立“中国医学科学院肿瘤研究所肿瘤调节协作中心”。2008年与瑞典卡罗琳斯卡医学院临床研究中心达成合作意向。诺贝尔医学生物奖评委爱德华•史密斯教授、美国国际颌面外科主席赫尔曼教授受聘我院客座教授。医院每年选派50人次出国出境学习交流，通过对外交流合作，有力推动了医院整体科技的进步和高层次技术人才的培养。