九院现为上海市住院医师规范化培训基地和专科医师培训基地，是上海交通大学口腔医学院、上海交通大学九院临床医学院教学基地，拥有 27 个教研室，拥有住院医师规范化培训基地12个，专科医师规范化培训基地22个。2016-2019年，医学院先后获得教育部第二期来华留学生英文授课品牌课程1项，教育部高等教育司第一批产学合作协同育人项目 1 项，中国医学教育慕课联盟口腔规划课程10项，中国医学教育慕课联盟扶持建设课程2项，中国医学教育慕课联盟平台合作课程 3 项。获得市精品课程 1 项，市本科重点课程建设1项，市高校外购留学生英语授课示范性课程1项，上海市高校优质在线课程建设项目 1 项。获得上海市职业生涯工作室项目 1 项。获得临床教学示范中心1项，虚拟仿真实验教学项目1项，上海市虚拟仿真实验教学项目 1 项，上海市实验教学示范中心项目 1 项。担任全国高等院校本科规划教材主编15人次。2018年，邱蔚六院士获得上海市“教育功臣”，张志愿院士获得上海市“四有”好教师(教书育人楷)。