“十三五”以来九院学科建设水平不断发展。现拥有口腔疾病临床医学研究中心 1 个，口腔临床医学、整复外科、骨科等 3 个重点学科，口腔基础医学为重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周病科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜科等9个临床重点专科;上海市教委 IV 类“高峰学科”1 项;上海市教委“高峰高原学科”建设项目 1 项;口腔医学、整复外科与组织工程学等3个教育部 211工程重点学科;还有口腔疾病、修复重建外科、创伤骨科与骨关节外科等 3 个上海市临床医学中心。口腔黏膜病科列为中医药管理局重点专科;血管外科为批外周血管介入诊疗培训基地;组织工程学、口腔颌面外科学为上海市重点学科(优势学科)、口腔修复和生物材料学为上海市重点学科(特色学科)，口腔基础医学、眼科学为上海市重点学科;修复重建外科为上海市“重中之重”临床医学中心;眼科、耳鼻喉科学为上海市重中之重”临床重点学科;内分泌科、麻醉科、泌尿外科为上海交通大学医学院重点学科;医院挂牌中国房颤中心，是上海交通大学血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位，神经内科是上海市脑卒中预防与救治中心之一。