2015-2019 年间，医院获局级以上科研项目立项993项，科研总经费 5.69 亿元。近年来医院获自然科学基金项目逐年递增，2019 年项目总数破百，共计 106 项，近五年自然科学基金项目总经费达 2.01 亿元。
2016-2019 年，共牵头科技部重点研发计划重点专项项目 9项。中国科学技术信息研究所公布的 2018年度中国科技论文统计结果”中显示, 共发表SCI 收录论文546篇,SCI论文数在排名全国医疗机构第1 位、上海市医疗机构第2 位、交大医学院第1 位。SCI 学科影响因子前 1/10 的期刊论文篇数 64 篇排名全国医疗机构中第 6 位。国际论文被引用篇数排名全国医疗机构第 17 位、上海市第 4 位、交大医学院第 3 位。中国卓越论文篇数 281 篇，排名全国医疗机构第 31 位、上海市医疗机构第 6 位、交大医学院第 4 位。2018 年度，医院共申请专利 419 项，授权专利 204 项。获评 2018 年度上海市三甲医院科研竟争力排名第 2 位。