北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，是深圳市政府投资4.5亿元人民币建成的现代化综合性医院。医院于1999年底建成开业，2001年9月，深圳市政府与北京大学、香港科技大学合作，医院更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学附属医院管理体系。
医院占地面积5.9万平方米，首期建筑面积10.8万平方米，编制病床800张，实际开放病床953张。医院总资产现已9.3亿元，拥有总价值超4.0亿元的现代化医疗设备。
医院现有员工近2000名。其中拥有副主任医师以上职称的高级技术人才近500名，硕士以上学位人员450名，有海外留学经历人员100名左右。