医院为1980年国务院批准的首批硕士学位授予权单位，拥有临床医学一级学科硕士学位授权点和口腔医学专业学位硕士授权点。设有临床医技科室65个，教研室21个。建有重点建设学科1个，省级临床重点专科和重点培育专科各3个，校级重点学科6个。建有省级临床质控中心2个。主办学术性期刊《中国临床药理学与调节学》杂志，为中国科技核心期刊, CSCD核心版期刊。
医院高度重视医学人才培养工作，是住院医师规范化培训基地、临床药师培训基地和省级全科医学师资培训基地。年主办省级以上继教项目40余项，承担皖南医学院硕士、本科生的理论实践教学任务。近三年，医院承担自然科学基金、省部级课题等共计257项;发表学术论文1468篇，SCI收录论文152篇;获省、市科学技术奖13项，科研能力显著提升。