医院科研实力强，2008年以来，获科技进步一等奖3项、二等奖3项，军队科技进步一等奖2项，军队医疗成果一等奖7项，陕西省科学进步一等奖10项。SCI论文数1784篇，被引用篇数、引用次数和表现不俗论文数量均排名全国医疗机构第二，新增临床研究中心、自然科学基金委创新研究群体、科技部重点领域创新团队、教育部创新团队、全军科技创新群体各1个，2010年至2014年国科金项目数连续五年破百，项目数和经费数均排名全国医院前茅。2012年，医院科技创新、机制创新、文化创新“三个创新”管理经验转发全国、全军卫生系统，人民日报、解放军报、光明日报、科技日报、健康报等五家中央媒体在头版头条进行深度报道。
