医院承担着重大会议、活动、赛事及特殊任务的医疗保障工作，重大突发事件的医疗救援及外国元首访华的医疗保健任务。近年来，在北京奥运、建国60周年庆典、抗震救灾、抗洪抢险中均表现出色，凸显了协和作为医疗队主要成员的重要作用。在2008年北京奥运工作中荣获“特别贡献奖”，为国争光。
医院重视管理，注重实，积极探索可持续发展之路。精简机构，改革干部管理机制，实行公开竞聘和聘期目标责任制，定期考核、轮转、培训干部，形成了一支精干、高的管理团队。院领导班子高度重视人才培养工作，特别是青年队伍建设，设立了中青年“百人计划”等培养项目，选派青年骨干出国学习;成立了住院医师管理委员会，由住院医师直接参与自身的培养管理工作;成立了国际合作智库(PICT)，发现、培养国际交流人才。
医疗服务质量是医院的永恒主题。医院始终将医疗质量、医疗和提升医疗服务水平放在各项工作之首，建立了院科两级的“全质控体系”，创新性地开展不良事件和病人隐患报告及手术核对工作，于2010年顺利通过ISO9001质量管理体系认证。