医院历史悠久，底蕴深厚。现在医院的前身是1954年5月创立的江西省中医实验院于。1957年，医院划归江西医学院，正式更名为江西医学院附属中医实验院。于1959年，江西中医学院成立，经过江西省人民委员会批准，而且在中医实验院的院址兴建江西中医学院附属医院，同时定院名为江西省中医院(江西省中医院的院名沿用至今)，同时是全国早一批省级中医医院。于1962年，经过三年多的建设，现在江西省中医院正式开业接诊。于1966年，医院更名为江西中医学院附属医院。于1970年，因江西中医学院被合并，而且医院也划归江西医科大学领导，现在更名为江西医科大学附属中医院。于1973年，江西中医学院恢复办学，同时医院重新划归江西中医学院领导，而且更名为江西中医学院附属中医院。于1990年，医院再次更名为江西中医学院附属医院。于2003年，医院增挂江西省骨伤医院牌子。于2013年5月，江西中医学院更名为江西中医药大学，同时医院也随之更名为江西中医药大学附属医院。
