九院是上海交通大学口腔医学院、上海交通大学九院临床医学院教学基地，拥有27个教研室。医院以提高教学质量为核心，加强临床医学教育，积极推进教学改革。医学院先后获得精品课程3项、教学团队1个，双语教学示范课程1项。大学生创新性实验项目11项。担任全国高等院校口腔医学专业本科规划教材主编6人次。获得全国高等医药院校教材奖3项，人民卫生出版社课件教学建设-医学大讲堂主讲名师1项，人民卫生出版社课件教材建设4项。口腔医学还获得上海市高水平特色建设项目、上海市本科教育高地第三和第四期建设项目、085工程项目和上海高校学科发展五年行动计划“高峰学科”建设资助。
