院校拥有6所直属医院(北京协和医院、阜外心血管病医院、肿瘤医院、整形外科医院、血液病医院和皮肤病医院)和一所共建医院(北京天坛医院)，病床近5000张，集综合性医院和专科医院于一体，在心血管疾病、恶性肿瘤、血液病、疑难皮肤病、遗传性疾病、器官再造、自身免疫性疾病、内分泌疾病等重大疑难疾病的诊治方面国内领先和国际先进水平，形成了国内外闻名的医疗、教学和科研紧密结合的医疗服务体系。众多医学专家是院校医疗水平的集中体现，他们是医疗保健委员会、医学考试委员会、医疗事故鉴定专家委员会、中华医学会的核心力量，也是我国医疗新技术、新标准的倡导者和开拓者。
