黑龙江省中医研究院的前身是同时成立于1957年的“黑龙江省祖国医药研究所”的(俗称“祖研”)，而且是全国成立早的省级中医药科研医疗机构之一。现在随着规模的发展和功能的不断健全，于1985年更名为“黑龙江省中医研究院”。同时为了充分发挥医院的中医医疗优势，于1995年经黑龙江省编委批准加挂了的“黑龙江省中医医院”的牌匾，而且被评为三级甲等中医医院;现在已发展成为集医疗、科研与研究生教育于一体的综合性中医药科研医疗机构。而且先后被确定为黑龙江省及哈尔滨市城镇职工医疗保险与哈尔滨铁路医保定点医院。先后两次荣获卫生部、和食品药品监督管理局、和中医药管理局共联合授予的“全国卫生系统先进集体”的荣誉称号。于2008年被中医药管理局确定为重点中医院建设项目单位。于2009年被科技部确定为的中药研发技术创新服务平台建设单位。于2010年在中医药管理局中医医院的管理年活动检查评估中取得黑龙江省第一名、和全国第五名的好成绩。于2010年被黑龙江省委、和省政府评为推进八大经济区与十大工程建设先进单位。
医院占地面积20000平方米，同时建筑面积50000平方米。医院现在有人员1192人，其中在编职工526人，现在聘用人员666人,在岗专业技术人员980人,而且在编人员中具有正、副高级职称专家222人，同时享受省政府和国务院特殊津贴专家22人和，名中医和省级名中医20人。医院现在有临床重点专科2个，和中医重点专科(专病)4个，和中医药重点学科4个，和中医重点研究室1个，和三级实验室5个，和省政府重点学科7个，省级重点实验室1个，和省卫生厅重点学科7个。同时医院的下设中药、中医临床和针灸经络研究所3个，而且中药剂型改革基地设在医院。