2010年12月，南区一期开诊运行。神经外科、神经内科、心脏大血管外科、心血管内科、康复医学科等优势学科主体搬入南区，安徽省脑立体定向神经外科研究所、安徽省心血管病研究所等研究机构进驻南区。一座开放床位1000张的安徽心脑血管医院为百姓健康保驾护航。
2017年12月，南区迎来了里程碑式的发展机遇——南区二期开诊。至此，南区总占地面积达130亩，总建筑面积33.29万平方米，开放床位近2000张。其中，与心脑血管疾病诊断与调节的相关学科，床位数占总床位数的54%。拥有省内核磁共振复合手术室，杂交手术室等国内先进手术室38间，配备头部伽马刀、移动CT、双C臂DSA、超高端CT、3.0T MR等约40多套国内的大型诊疗设备。南区二期开诊标志着中国科学技术大学附属第一医院(安徽省立医院)集团化发展了新跨越。南区也从“大专科，小综合”踏上“强专科、大综合” 战略发展之路。