医院学科齐全，综合实力始终处于第一方阵，设有46个临床科室，11个医技科室，6个科研平台，25个行政职能处室。拥有18个卫生健康委临床重点专科(骨科、妇科、重症医学科、检验科、专科护理专业、心血管内科、血液内科、内分泌科、胸外科、呼吸内科、普通外科、泌尿外科、眼科、皮肤科、急诊医学科、肿瘤科、感染病科、风湿免疫科)，3个重大疾病多学科合作诊疗能力建设项目(呼吸与危重症医学科、肝病与感染科、老年科)，2个北京市临床重点专科(中医科、儿科)，5个北京大学研究所和4个北京大学研究中心，共有10个学科在学科影响力排行位列全国前20名(血液病学、风湿病学与自体免疫病学、护理学、眼科学、骨外科学、胸外科学、肿瘤学、皮肤病学、急诊医学、内分泌病学与代谢病学)。同时是人才培养模式示范区、特色专业示范点、教学创新团队。
