医院作为福建医科大学第二临床医学院、住院医师规范化培训基地和省级医学继续教育基地之一，设有14个专业住培基地、1个专培基地、25个医学教研室。医院依托睡眠医学省高校重点实验室、视障辅助技术福建省高校工程研究中心、福建省呼吸系统疾病介入诊疗临床医学研究中心、泉州市恶性肿瘤临床研究中心、神经调控代谢性疾病研究中心、临床医学研究中心、临床分子诊治研发中心、实验室和中心实验室，大力开展医学科学研究。“十三五”期间获各级科研课题立项482项，承担重点项目子课题3项，获科技成果奖33项，其中省部级科技成果奖6项。
