厦门长庚医院的医疗科室设置齐全，包括内科系统、外科系统、妇科、儿科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、检验、病理、影像等 32 余个临床和医技科室。医院重点发展具有国际前沿水准的人工耳蜗、唇腭裂、骨科关节重建、心脏介入调节、医美整形等特色医疗项目，重点发展整合型医疗中心如颅颜中心、医美中心、整形中心、健检中心等。厦门长庚是全国 20 所人工电子耳蜗定点手术医院之一，具备三级助产机构资质;是福建省大医学院福建医科大学的教学基地、于金明院士指导平台之定点医院;目前设有内科、外科、妇产科、儿科、口腔科、耳鼻喉科、急诊科、皮肤科、麻醉科共 9 个住院医师规范化培训基地。医院配备先进的医疗设备，拥有福建省第一台锐速刀、VARIAN CLINACIX 型号直线加速器、16 牌大孔径螺旋 CT、128 切 CT、彩色多普勒超声系统等仪器，医疗设备达国际先进水平，为高品质的医疗服务提供了有力保障。医院始终坚持“以病患为中心”的服务宗旨，实行“医管分治”模式，建立分科经营制度，设立专科经营助理，行政协助医疗，采主诊医师制，完全资讯化作业;两岸医疗精英团队协作，并透过全责护理制度，共同为民众提供优质医疗服务。
