1922年，法国广州湾公使署兴办的“爱民医院”，这是西医传入粤西城乡的标志，亦是湛江市前史悠久的综合性医院——广东医科大学隶属第二医院之发端。1952年被命名为“湛江市人民医院”;1962年增挂“中山医学院湛江分院隶属医院”牌子;1983年湛江地市兼并后更名为“湛江市第二人民医院”;1993年经市政府同意成为广东医学院第二隶属医院(非直属);2011年经省政府同意，成建制移送广东医学院，成为“广东医学院隶属第二医院”(直属);2018年5月20日正式成建制移送广东医科大学，更名为“广东医科大学隶属第二医院”;2020年经湛江市人民政府研究决定将“湛江市应急医院”落户广东医科大学隶属第二医院。2021年，湛江市眼科医院正式挂靠医院。
