医院现共有三大院区。总院坐落于西子湖畔，毗邻繁华的武林商业圈。前身是八十年代初建立的浙江医科大学附属口腔门诊部。1996年，在原浙江医科大学游泳池地块上正式动工建设浙江医科大学附属口腔医院。1998年，浙江大学完成了世人瞩目的“四校合并”，浙江医科大学并入新组建的浙江大学。1999年，新建成的附属口腔医院相应更名为浙江大学医学院附属口腔医院。2006年，医院在浙江大学校医院华家池院区三楼设立华家池口腔诊疗中心。为进一步缓解总院的就诊压力，满足群众不断增强的口腔诊疗需求，2013年，医院位于拱墅区的城西分院正式开诊运营。
