北京中西医结合医院始建于1952年，地处长安街沿线，西四环外200米，位于北京市海淀区永定路东街3号，原名北京市第二疗养院;1956年迁至现址，1959年7月改名为北京市永定路医院;1989年纳入全批中西医结合医院，获批更名为北京市中西医结合医院;1994年，遵循中医药发展战略，医院与北京中医药大学实现合作，成为北京中医药大学附属中西医结合医院;1996年医院挂牌全国专科疾病北京中医药中心;2011年启动了博士后工作流动站工作;2016年医院成为中医药管理局第三批重点中西医结合医院;2016年11月，通过三级中西医结合医院等级评审，实现了医院跨越式发展。
