海淀医院眼科是集医、教、研于一体的现代化科室，是海淀区白内障复明工程定点医院，海淀区视力残疾鉴定唯一定点医疗机构，海淀区疾控中心青少年近视防控专家组成员单位。自建院以来除对眼科各种常见病、多发病的开展诊疗及防盲知识普及推广工作外，陆续开展了白内障超声乳化联合人工晶体植入术，玻璃体切割术，视网膜脱离复位，眼内抗VEGF药物注射，多技术联合应用抗青光眼治疗手术，眼表及眼部整形修复手术，泪道疾病治疗等标志本学科国内外先进水平的眼科手术及治疗技术。自2013年与北医三院深度融合以来，科室聘请以王薇教授作为学科带头人的北大眼科中心团队定期会诊，查房，指导教学及科研工作，实现跨越式发展。目前包括北医三院出诊专家在列，有4位正主任医师，3位副主任医师，6位主治医师，2位验光师，设置眼底内科，眼底外科，青光眼白内障，眼表与泪道疾病，斜视弱视矫正及眼部整形，眼视光等6个亚专业组。
